Наука, будучи воплощением разума, в своем стремлении упорядочить мир предстает у Ш. как поклонение необходимости и, соответственно, продуцирует принудительное знание, рационализированные истины которого служат орудием управления и господства. Ш. признавал за научными, т.е. логически доказуемыми истинами только ограниченное значение, в противном случае они сами (как орудия необходимости) ограничивают человека как свободное и творящее существо, в чем собственно и заключается, по Ш., призвание человека. Ш. призывал к освобождению от довлеющей власти самоочевидного, общепринятого, общеобязательного, или, говоря иначе, к "беспочвенности", — единственному, что дарует человеку ощущение полета. Системосозидающей установке философского разума Ш. противопоставил опыт "адогматического" мышления, усматривающего истину "в единичном, неповторяющемся, непонятном, всегда враждующем с объяснением" — "случайном", куда не распространяется власть разума.
Особую метафизическую значимость в философии Ш. обретают мгновения, связанные с "порывистостью и свободной внезапностью творческого роста и делания", "когда разум отказывает в своих услугах". Именно в эти редкие мгновения, писал Ш., "только наедине с собой, под покровом тайны индивидуального бытия... вспыхивают последние истины". Глубоко переживая иррациональное в бытии человека, Ш. подчеркивал невозможность ясного и отчетливого представления о великих тайнах мироздания, когда непредсказуемость, неожиданность, чудесность требуют отказа от самого усилия "быть понятыми". Философия для Ш. — не "строгая наука" (он горячо спорил с Гуссерлем по этому поводу), но "борьба за невозможное", риск и дерзновение, стремление к неведомому; дело философов "не в разрешении проблем, а в искусстве изображать жизнь как можно более таинственной и проблематической". Единственную возможность реализации свободы и творческой мощи человеческой личности Ш. находил в религиозном опыте. Вера для Ш. — это одновременно и "второе измерение мышления", преодолевающее истины разума, освобождающее от власти необходимости, и путь к тому, для кого все возможно, и упование на Бога живого, что, сметая всякую уверенность и прочность, сопряжено с ожиданием, надеждой, тоской, страхом и трепетом. Выступая против рационализации веры и полагая ее как сферу абсурда и парадокса, Ш. сам включается в русло иудейско-христианской философии, которую он, назвав философией откровения, противопоставил философии умозрительной, рациональной. Как философ Ш. был достаточно независим от окружающих течений времени. Наиболее близким себе мыслителем считал Кьеркегора. Определенная близость философии Ш. и экзистенциализма (как течения) не дает оснований к их соединению в силу обособленности, ярко выраженного своеобразия этого мыслителя.